رنگ چشم صفتی وراثتی است كه از والدین به فرزندان می‌رسد. بنابراین باید گفت كه این ژن‌ها هستند كه براساس قوانین حاكم در دنیای علم ژنتیك، رنگ چشمان افراد را مشخص می‌كنند.
اما شاید دیده یا حتی شنیده باشید كه برخی افراد هنگام تولد، چشمانی آبی داشتهاند و بتدریج رنگ چشمان آنها تغییر كرده است. یا این كه شاید شنیده باشید كه گفته می‌شود اغلب نوزادان چشمانی به رنگ روشن دارند كه بتدریج پس از گذشت 6 ماه از تولد‌شان رنگ اصلی چشمان آنها مشخص خواهد شد.
دلیل این موضوع این است كه هنگام تولد ملانین، رنگدانه پروتئینی قهوه‌ای رنگی كه موجب تعیین رنگ پوست، مو و چشم می‌شود هنوز به طور كامل در عنبیه چشم رسوب نكرده است یا این كه در معرض تابش امواج ماورای بنفش نور خورشید قرار نگرفته است تا بتدریج تیره‌تر شود. عنبیه بخش رنگی چشم است كه نقش بسیار مهمی در كنترل میزان نور وارد شده به چشم دارد.
این موضوع علاوه بر انسان‌ها ممكن است در برخی حیوانات نظیر گربه‌ها نیز دیده شود. همان‌طور كه گفته شد، ملانین یك مولكول پروتئینی است، همچون دیگر پروتئین‌هایی كه در بدن هر فرد یافت می‌شود، نوع هر پروتئینی در بدن هر شخص تابع كدهای ژنتیكی است. عنبیه چشم حاوی مقدار زیادی از رنگدانه‌های پروتئینی ملانین است كه سیاه یا قهوه‌ای به نظر می‌رسند. هر چه سطح ملانین موجود در عنبیه چشم كمتر باشد، چشم‌ها روشن‌تر خواهند بود و به این ترتیب چشمان آن فرد به رنگ سبز، خاكستری یا قهوه‌ای كمرنگ است.
اگر در چشمان شما تنها مقدار بسیار كمی ملانین وجود داشته باشد در این صورت شما چشمانی به رنگ آبی یا خاكستری روشن خواهید داشت. معمولا از حدود 6 ماهگی به بعد، رنگ چشم‌ها ثابت شده و پس از آن تغییری نخواهد كرد. این در حالی است كه علاوه بر این، عوامل متعدد دیگری نیز وجود دارند كه می‌توانند موجب تغییر رنگ چشمان فرد شوند. برای مثال استفاده از برخی داروهای خاص یا عوامل محیطی از مجموعه عواملی هستند كه می‌توانند در تغییر رنگ چشم افراد تاثیرگذار باشند. در برخی افراد به مرور رنگ چشم‌ها تغییر می‌كند. رنگ چشم‌ها بیش از این كه تابع قوانین ژنتیكی باشد، می‌تواند یكی از شگفتی‌های خلقت محسوب شود، چنانچه در سطح دنیا افرادی هستند كه چشمانی با دو رنگ متفاوت دارند و از این جهت قوانین ژنتیك را زیر سوال می‌برند. با توجه به این موضوع، باید این نكته را خاطرنشان كرد كه قوانین علم ژنتیك درخصوص وراثت رنگ چشم یك قانون كامل نیست، بلكه گاهی دیده شده است حتی پدر و مادری كه هر دو چشمان آبی‌رنگ داشتهاند، صاحب فرزندی شده‌اند كه چشمانی قهوه‌ای داشته است و این در حالی است كه براساس علم ژنتیك آبی، صفت غالبی است و همه فرزندان این پدر و مادر باید چشم آبی باشند.